Das Problem bei einigen Copic-Farbtönen ist eben, dass sich die Farben beim Scan ändern. Wenn eine Farbe zu stark verblasst, vesuch es mal mit einem ähnlichen Farbton. Ich weiß auch nicht, welche Scansoftware du hast - bei einigen gibt es da vor dem Scan einige Optionen, mit denen man die Einstellung im Vorwege definieren kann.
Ansondten kann man immer noch im Photoshop jede Menge Nachbesserungen vornehmen: Farbbalance, Helligkeit, Kontrast, Gradationskurven. Bei letzterem hast du die Möglichkeit, die 4 Farbkanäle (CMYK) einzeln noch mal nachzujustieren.